小產權房不可以辦理合同備案。因為小產權房多建在農村集體土地上，既未繳納土地出讓金等相關費用，也沒有國家發放的國有建設用地使用權證和預售許可證。而合同備案的前提是房屋具備合法合規的產權相關手續，能納入國家房管部門的正規監管，小產權房顯然不符合這些條件，其購房合同在國土房管局不會被給予備案。并且相關政策還明確小產權房不得登記發證，這也從根本上杜絕了其辦理合同備案的可能性。
小產權房租賃合同糾紛應該如何處理
1、優先雙方協商，就租金退還、損失賠償、合同解除等爭議點溝通，達成一致后簽訂書面和解協議，同時留存好租金支付憑證等相關憑證。
2、協商無果可向房屋所在地的村委會、居委會或人民調解委員會申請調解，由第三方居中說服疏導，促使雙方自愿達成調解方案。
3、若雙方事前簽訂仲裁協議或事后達成仲裁約定，可將糾紛提交仲裁機構，憑借其作出的終局裁決解決糾紛，該方式流程簡潔且能避免長期訴訟的困擾。
4、無仲裁約定或調解無效時，可向房屋所在地基層法院起訴，起訴前準備好租賃合同、溝通記錄等證據，訴訟中法院會先明確合同效力，再按雙方過錯劃分責任，比如違建導致合同無效的，會判定過錯方承擔對應損失賠償。
5、若糾紛因房屋被認定為違建強拆引發，可先向當地土地、規劃部門反映情況協調處理，若對行政部門的處理結果不滿，可進一步提起行政復議。
6、若房東存在隱瞞小產權房性質欺詐租客、多重租賃等情況，租客除主張民事賠償外，若房東涉嫌詐騙，還可向公安機關報案。
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