通常情況下小產權房不需要繳納商品房交易相關的法定稅費，僅特殊情形需按政策補繳費用。小產權房多建在集體土地上，未繳納土地出讓金，也無法辦理國家認可的不動產權登記，不在法定稅費征收范圍，不管是買方還是賣方，都不用像購買商品房那樣繳納契稅、增值稅、個人所得稅等正規稅費。不過存在特殊情況，比如部分地區開展小產權房合法化試點，若要將小產權房轉正辦理合法產權，需按政策補繳土地出讓金及相關稅費;還有北京通州曾有符合條件的歷史遺留小產權房，業主補繳費用轉正后，就需和商品房一樣繳納相應稅費。
如何判斷一套房子是不是小產權房
1、查看產權證件。正規房屋有國家自然資源部門頒發的《不動產權證書》，產權受法律全面保護;而小產權房沒有該正規證書，最多只有鄉鎮政府或村委會出具的自制證明，這種證明不具備法定產權登記效力，不受國家法律認可。
2、核對土地性質。小產權房的建設用地多為農村集體土地，像村集體的宅基地、集體建設用地等，且未經過法定征收程序轉為國有土地;正規商品房則建立在已繳納土地出讓金的國有出讓土地上，這一點可通過查看相關土地審批文件確認。
3、查看建設審批。正規商品房開發需具備“五證”，即國有土地使用證、建設用地規劃許可證、建設工程規劃許可證、建筑工程施工許可證、商品房預售許可證;小產權房大多未辦理完整的正規審批手續，或干脆未經規劃、建設等部門審批，屬于違規建設范疇。
4、觀察交易規則。小產權房僅能在所屬集體經濟組織成員內部轉讓，向非集體成員出售的交易不受法律保護，且無法在房產交易中心辦理過戶和產權登記;正規房屋只要符合限購等政策，就能在市場上自由交易，可正常辦理過戶備案手續。
5、查看銷售與備案情況。小產權房常由村集體組織或無正規開發資質的主體銷售，購房合同無法在國土房管局備案;正規商品房由具備合法資質的房地產企業銷售，購房合同會按規定完成官方備案流程。
6、咨詢權威部門。若有疑問，可攜帶房屋相關材料到當地不動產登記中心、住建局等部門咨詢，工作人員能依據檔案信息準確判定房屋是否為小產權房。
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