組合貸款公積金有余額可以還商貸，不過要先把公積金貸款部分還了，然后還清之后，才可以使用公積金余額來還商業貸款部分。這樣的還款方式屬于公積金沖還貸，就是用貸款人的公積金余額去還住房貸款，包括商業貸款和組合貸款。不過各地區規定各不相同，具體的可以咨詢當地住房公積金管理中心詢問。
組合貸款辦理流程有哪些
1、到貸款銀行提出借款申請
借款人持購房合同和開發商售房許可證復印件、身份證、住房公積金儲蓄磁卡、印章到各區縣的房地產信貸部申請住房公積金貸款(使用夫妻雙方住房公積金貸款的，還須攜帶結婚證或其他夫妻關系證明)，填寫“個人住房公積金貸款(組合)貸款申請書”。
2、銀行審核
貸款銀行根據借款人提供的資料，考核借款人是否符合貸款條件，計算貸款額度，確定貸款期限。
3、到貸款銀行簽訂借款合同
貸款銀行審核借款人的申請后，借款人與銀行簽訂借款合同和抵押合同(不用房屋擔保的簽訂質押合同)。
4、到產權部門辦理貸款擔保手續
辦理住房公積金貸款(組合貸款)有兩種擔保方式，借款人可以根據自己的實際情況選擇其中的任何一種。
5、辦理住房抵押保險手續
借款人到產權部門辦理完抵押或質押手續后，連同借款合同、抵押合同(質押合同)、房屋他項權證、抵押權證明書等借款資料交貸款銀行辦理房屋保險手續。
6、簽訂還款協議和劃款
采用儲蓄卡代扣方式還款的，借款人到儲蓄網點辦理還款代扣儲蓄卡，并與貸款銀行簽訂代扣協議。委托單位代扣還款的，單位與貸款銀行簽訂協議。
7、銀行劃款
借款人按與貸款銀行約定的時間到貸款銀行辦理領款手續，貸款銀行將款項劃入售房單位;用于修、建房的貸款，借款人按借款合同支取。
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