2018年，中共中央辦公廳、國務院辦公廳印發的《農業綜合行政執法改革的指導意見》文件中，要求將農業農村領域的種子、農藥、飼料、獸藥、農產品質量安全、宅基地等近20個領域的行政執法職責整合，組建農業綜合行政執法隊伍，由其統一行使執法職責。各級農業綜合行政執法機構要立足主責主業，加大執法力度，為全面推進鄉村振興、加快農業農村現代化提供執法保障。
一是加強農業產業領域執法，促進農業產業發展。產業振興是鄉村振興的基礎。農業綜合行政執法聚焦種子、化肥、農藥、獸藥等農業投入品和動植物檢驗檢疫等重點領域，加強執法監管，及時防范化解農業產業安全發展中的風險隱患，加大違法行為的打擊力度，為農業產業發展提供保障。
二是加大品種侵權打擊力度，維護公平競爭環境。在農業農村領域，科研單位和企業創新動力不足與對品種權等知識產權保護不力直接相關。通過農業綜合行政執法，加大對農業領域侵犯假冒等侵犯知識產權行為的打擊力度，有助于維護正常的市場經營秩序，創造良好的公平競爭環境，促進農業自主創新能力的加快提升。
三是強化農業系統環境保護力度，推動農業綠色發展。農業綠色發展是落實新發展理念的必然要求。通過農業綜合行政執法，加強對農藥肥料薄膜等農業投入品廢棄物回收、農用地土壤污染等違法行為的查處和打擊力度，有效控制農田“白色污染”；加強以長江為重點的水生生物保護，實施好長江十年禁捕執法，促進增強農業可持續發展能力。
四是落實誰執法誰普法責任，促進鄉村依法治理。將普法融入執法全過程，堅持邊執法、邊普法，堅持以案釋法、以案說法，幫助農村社會進一步營造尊法學法守法用法的濃厚氛圍，提升基層干部和農民群眾辦事依法、遇事找法、解決問題用法、化解矛盾靠法的能力，推動構建鄉村依法治理新格局。
五是打擊坑農害農違法行為，維護農民合法權益。維護農民利益是“三農”工作的出發點和落腳點。通過農業綜合行政執法，加大對農資質量、農產品質量安全等違法行為的執法力度，把住農業投入品使用關，保障農產品質量，提升農產品附加值，促進農民增收，增強人民群眾的獲得感、幸福感、安全感。
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